El Comité de Administración de la ZOFRATACNA tiene la siguiente estructura orgánica:

Dr. OMAR JIMENEZ FLORES
Presidente del Directorio

Ing. Ximena Gómez Valente
Gerente General

Abog. Wilfredo Acero Copa
Jefe del Órgano de Control Institucional

Lic. Rosa Gabriela Mori Fuentes
Jefe de la Oficina de Planeamiento y Presupuesto

Lic. Rosalia Nélida Choque Hidalgo
Jefe de la Oficina de Administración y Finanzas

Abog. Guillermo Acuña Arcos
Jefe de la Oficina de Asesoría Jurídica

Ing. José Alejandro Condori Salinas
Gerente de Promoción y Desarrollo

Ing. Javier Perez Arce 

Gerente de Operaciones