El Comité de Administración de la ZOFRATACNA tiene la siguiente estructura orgánica:
Ing. Aldo Fuster Ocaña
Presidente del Directorio
Ing. Ximena Gómez Valente
Gerente General
Abog. Wilfredo Acero Copa
Jefe del Órgano de Control Institucional
Lic. Rosa Gabriela Mori Fuentes
Jefe de la Oficina de Planeamiento y Presupuesto
Lic. Rosalia Nélida Choque Hidalgo
Jefe de la Oficina de Administración y Finanzas
Abog. Guillermo Acuña Arcos
Jefe de la Oficina de Asesoría Jurídica
Ing. José Alejandro Condori Salinas
Gerente de Promoción y Desarrollo
Ing. Javier Perez Arce
Gerente de Operaciones