El Comité de Administración de la ZOFRATACNA tiene la siguiente estructura orgánica:

Ing. Aldo Fuster Ocaña
Presidente del Directorio 

Ing. Ximena Gómez Valente
Gerente General

Abog. Wilfredo Acero Copa
Jefe del Órgano de Control Institucional

Eco. Saul Coayla Alcazar
Jefe de la Oficina de Planeamiento y Presupuesto

Ing. David Condori Catunta
Jefe de la Oficina de Administración y Finanzas

Abog. Guillermo Acuña Arcos
Jefe de la Oficina de Asesoría Jurídica

Ing. José Alejandro Condori Salinas
Gerente de Promoción y Desarrollo

Ing. Ximena Gómez Valente 
Gerente(e) de Operaciones